在大连医科大学创办初期,即关东医学院时期,1947515日创立了《大连医学杂志》,张风书教授兼任主编。大连医学院独立后,1950129日成立了以乔树民、吴襄、简仁南、刘孙、叶兴杰5人组成的大连医学院出版委员会,出版发行《大连医学院》院刊,刊登论文摘要、信息报道和经验总结。当时的发行仅限于校际交流。

19601月《大连医学院学报》创刊。初期为不定期刊物,每年1-2期,编为1卷。形式有研究论文、综述、病例报告等。内容涉及祖国医学、中西医结合、中西医结合治疗新急腹症学、经络学、医学基础与临床研究等各个方面。发行范围主要是学院内部和与全国各医学院校之间的交流,每期印1000册。

1965年停刊。

学校复办后,《大连医学院学报》于1983520日复刊,仍为内部发行。1984年开始,学报每年定期出版4期,每期约10-12万字,印数1000册。1986年,经国家教委和国家新闻出版署颁发国内统一刊号CN21-1369/R及国际标准刊号ISSN1000-5676,获得了国内外的发行权。进而办理了CODEN DYIXEA编号及国内发行代号JNSC-14,委托中国教育图书进出口公司代理在国内外的发行工作。

1989年以来,学报参加中国高校学报质量评比,先后获得辽宁省高等学校(自然科学)学报编辑质量一等奖、东北三省高校学报编辑质量二等奖、国家新闻出版署期刊司与国家教委科技司全国高等院校自然科学学报优秀编辑质量三等奖、中国高等医(药)学院校学报学会优秀编辑奖、辽宁省教委优秀自然科技期刊二等奖。 

1995年《大连医学院学报》更名为《大连医科大学学报》,主编由副校长赵宝昌担任。

1996年学报加入清华大学国家期刊光盘版网络;1999年被认定为《中国科学引文数据库》来源期刊。

2000年副校长赵杰同志担任主编。

2001年初学报加入"万方数据--数字化期刊群"2004 年被国际著名的检索机构俄罗斯《文摘杂志(AJ)》收录为来源期刊; 2002年和 2004年连续两次被评为辽宁省一级期刊。

2005年《大连医科大学学报》由季刊改为双月刊。同年被国际著名的检索机构美国《化学文摘(CA)》收录为来源期刊。

20064月被收录为中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)。

200610月被荷兰《医学文摘(EM)》收录为来源期刊。

200811月荣获教育部科技司第二届中国高校特色科技期刊奖

2011年校长唐建武同志担任主编。

2012年5月正式采用北京勤云在线采编系统,建立在线投稿、编辑、审稿等工作一体化网站。

2012年10月获教育部科技发展中心2011年度“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖。

2012年12月被中国生物医学文献数据库(CBM)收录。

2013年1月开始,对本刊论文进行数字对象唯一标识符(Digital Object Unique Identifier,DOI)标注。

2013年4月被中国科学评价研究中心收录为“RCCSE中国核心(扩展版)学术期刊”。 

       201412月获教育部科技发展中心2013年度中国科技论文在线优秀期刊二等奖。

2015年1月校长闻德亮同志担任主编。

2015年3月被中国科学评价研究中心评为“RCCSE中国核心学术期刊(A)”。